Sümela Manastırı’nın esas kurucusu sayılan III. Alexios (1349-1390)’un büyük dedesi Ioannes (1280-1285) zamanından itibaren Sümela, dini bir merkez kabul edildi. III. Alexios’un büyük dede, dede ve babası Sümela’ya pek çok defa bağış yaptılar. Komnenos ailesi kültür ve sanatı destekleyip korudular. Onlar, debdebeli saraylar, muhteşem kütüphaneler ve bir çok kilise inşa ettiler. Yeni Ermeni ve Rum manastırları inşa etmenin yanı sıra, eski manastırları da zenginleştirdiler. III. Alexios Sümela Manastırına özel bir önem verdi. 1350’deki taç giyme merasimi için Sümela’yı seçti. Bütün saray halkı ve misafirleri ile birlikte Sümela’ya uzun bir yolculuk yaptı. O taç giyme merasiminin anısına, bu olayı canlandıran bir kitapevi yaptırıp manastıra verdi.
‍
1360’da Sümela tesis halinde yeniden inşa edildi. 17 metre yüksekliğinde, 40 metre uzunluğunda 14 metre genişliğinde 72 odadan oluşan koca bir tesis haline getirildi. III. Alexios, 1361’de Doğu ve Batı’nın hakimi ilan edilmişti. III. Alexios 1361’de gerçekleşen güneş tutulmasını da Sümela’da karşılamıştı. Onun sikkelerinde bu olayla ilgili olarak resmi bulunuyordu. 13 65 yılında Sümela’nın idari şartlarını, arazilerini ve gelirlerini düzene koyan bir vakfiye oluşturuldu. Bu tarihlerde Türkler Trabzon’a bir saldın için hazırlanıyorlardı. Bu konuda manastır keşişlerinin uyanık olmaları istendi. III. Alexios aleyhinde komplolara karışan Metropolit Niphon, yakalanarak Sümela’ya kapatılmış ve burada 1364 yılında ölmüştü.1366 yılında İmparator Alexios manastıra yatırım yapmak için hâzinesinden özel bir pay ayırdı. Bu para ile muntazam bir restorasyon yaptı. Manastır yeni inşa ile büyüklüğü iki kat arttı. Alexios manastıra cömertçe hediyeler verdi. Bizans koleksiyonlarını kaplayan ceylan derili 17 adet yazma eseri Sümela’ya bağışladı ve kütüphane oluşturdu.
‍
III. Manuel (1390-1417) babası gibi dindar bir insandı. O da tacını, Sümela’daki Assumption kilisesinde giydi. Manuel, tahta çıktığı yıl, 3 karış uzunluğunda ve 3 parmak enindeki gerçek ve değerli bir haçı manastıra armağan olarak verdi. Haçın üzerinde, çarmıha geren çivilerin izi vardı. Bu haç, İstanbul’daki imparatorluk hâzinesinin en büyük olanıydı. İmparator I. Micheal Rangabos tarafından Yeranos’a verilen bu haç Komnenos ailesinin eline bilinmeyen bir zamanda geçti. Manuel, manastırda bir fresko yaptırdı. Bu fresko, Assumption, kilisesinin güney duvarına işlendi. Fresko, III. Alexios’u tasvir ediyordu. III. Alexios döneminde bir çok seyyah ve hacı Sümela’yı ziyaret etti. Onlar özellikle manastırın ayazmasını (kutsal pınar) görmek için geldiler. Sümela bu dönemde altın çağını yaşadı. Son Trabzon Komnenosları da, Sümela Manastırı’na yeni fermanlar gönderdiler. Dolayısıyla manastırın vakıflarını da onayladılar.
‍
Sümela Manastırı, Komnenos Hanedanlığı döneminde zirveye ulaşmış, dini bir merkez olmanın yanısıra hanedanlığın ikinci payitahtı olacak kadar bir merkez addedilmiştir.