Fatih Sultan Mehmet İstanbul’un fethinin hemen akabinde büyük ölçüde fonksiyonu yitirmiş olan Ortodoks Kilisesini ihya etmekle işe başlamıştır. Bilindiği gibi, İstanbul’un Fethi’nden önce Doğu ve Batı kiliselerini birleştirme konusunda yapılan tartışmalar sonunda İstanbul Ortodoks Patrikliği, Bizans tarihindeki mevkiini kaybetmiş, kilise mensupları arasında birlik bozulmuş ve bu yüzden Patrik U. Athanasios’un istifasından sonra bu makama yeni bir patrik tayini yapılmamıştır. Bu durum Ortodoks Hristiyanlarının dağılması tehlikesini ortaya çıkarmıştır. Bunu gören Fatih, ruhanileri yanına çağırarak “Patrik görevini yapan zat nerededir? Bana, bir padişah sıfatıyla icap eden ihtiram ve tazimi izhar etmeye niçin gelmiyor? diye sormuş; ruhaniler de buna, “vaktiyle patriğimiz olup, halen hayatta bulunan zat, kendi isteği ile makamını terk etti, biz de o andan itibaren yerine başkasını koymadık” cevabını vermişlerdir. Bunun üzerine Fatih, Ortodoks kilisesine yeni birisinin seçilmesini ve eski geleneğe göre takdis edilmesini emretmiş; Rumların isteği üzerine de Gennadios’u, İstanbul Ortodoks Kilisesi’nin reisliğine tayin etmiştir.

Seçimden sonra Fatih, yeni Patrik’i yemeğe çağırdı ve kendisiyle uzun uzun konuştu. Patriğe ruhani yönetim ve mezhep işlerinde haklar verdi. Ona “millet başı” unvanı vermek suretiyle de bütün dindaşlarının meseleleri üzerinde onu yetkili kıldı. Fatih, otoritesinin göstergesi Patriğe eskiden Bizans imparatorlarının Vasileus’un yaptığı gibi, Patriklik asası da verdi. Başına da on iki havarinin resimleri ve elmastan yapılmış bir haç ile süslü mineli bir taç koydu. Sarayın kapısına kadar yolcu etti. Onu, patrikhaneye kadar bir hükümdar uğurladı. Bu tören, Bizans İmparatorluğu zamanında yeni seçilen bir Patrik’e yapılan törenin aynıydı.

Fatih, Türk hakimiyeti altında ilk İstanbul (Fener) patriği olan Gennadios’a, Türk ve İslam Hukuku çerçevesinde, Ortodoks cemaatinin hukuki statüsünü yazılı olarak tespit eden, altında kendi imzasını taşıyan bir ferman verdi. Bu fermanda şöyle deniliyordu. “Kimse Patrik’e tahakküm itmesün, kim olursa olsun hiçbir kimse kendisine ilişmesin, kendisi ve ma’iyyetinde bulunan papazlar her türlü umûmi hizmetlerden müebbeden muaf olsun. Kiliseleri, camie tahvil edilmeyecektir, izdivaç ve defin işleri, şâir adet işleri Rum kilisesi ve âdetlerine göre eskisi gibi yapılacaktır.

Fatih'in verdiği bu yetkiler ve haklar 205 yıl boyunca 14 sultan tarafından aynen korundu. Patrikler, hep Sultan’ların huzuruna çıktılar. Fakat daha sonra, dini yetkilerinin dışına çıkıp siyasetle de uğraşmaya başlayınca, patriklerin tayin ve iclas törenleri artık sadrazamların huzurunda yapılmaya başlandı.