1. Dönem 386-1360 : Manastırın kuruluş tarihi olan 386 ve 1360 yılları arasında geçen 1000 yıllık dönemde  ilk olarak mağara tapınak ve sonrasında B bölümünde yer alan keşiş hücrelerinin inşa edildiği tahmin edilmektedir.
‍
2. Dönem 1360: Manastırın resmi kuruluş tarihi olan 1360’da (III. Alexios dönemi) Ana silüette görünen manastır binasının bir kısmı inşa edilmiştir.

3. Dönem 1710: 1710’da manastırın fresklerinde ve bazı binalarında önemli restorasyonlar yapılmıştır. Günümüzde mağara tapınağın doğu duvarına dışarı çıkıntılı şekilde inşa edilmiş küçük şapel de bu yıllarda eklenmiştir.

4. Dönem 1839- 1861: 19.yüzyılda manastırı ziyaret eden seyyahların tasvirlerinden yola çıkarak, bugünkü kütüphane ve muhafız odalarının bulunduğu yerlerde ahşap teras evlerinin varlığı tespit edilmiştir. Su kemerlerinin de yine 19.yüzyılda Sultan Abdülmecit döneminde (1839-1861) eklendiği düşünülmektedir. ‘’Kutsal Ayazma’’  ve Çan Kulesi’nin de bu yıllarda eklendiği düşünülmektedir.

5. Dönem 1860: 1860’da; yıkılmış olan ahşap teras evlerinin yerine kütüphane binası, görevli  odalarının bulunduğu binalar ve öğrenci odaları eklenmiş, ana silüette görünen manastır binasına eklemeler yapılmış kısmen bugünkü halini almıştır. Manastıra girişin sağlandığı ahşap basamaklar da bu yıllarda kaldırılmış, yerine bugünkü taş basamaklar eklenmiştir.

6. Dönem 1914-1916: 1903 yılında çekilmiş fotoğraflarla, manastırın keşişler tarafından terk edildikten hemen sonrasında (1923 sonrası) çekilen fotoğraflar kıyaslandığında; 1860’da eklemeler yapılmış olan manastır binasının  güney ucunda yer alan öğrenci odalarının bulunduğu kısma toplam 3 odadan oluşan 2 kat, hemen yanında misafir odalarının bulunduğu kısma da 4 odadan oluşan bir katın daha eklendiği  tespit edilmiştir. (Eklenen bu katların, Rusların Trabzon’u işgali sırasında (1914-1916) eklendiği düşünülmektedir.) Tüm bu eklentilerle birlikte manastır son halini almıştır.