Mustafa Kemal Atatürk'ün 29 Ekim 1923’te Türkiye Cumhuriyeti’ni kurması ile Manastır’ın faaliyetleri sona ermiştir. Aynı yıl Lozan Antlaşması hükümlerine göre bölgedeki Rum vatandaşların Yunanistan'a gönderilmesiyle, Sümela Manastırı papaz ve keşişleri de Yunanistan’a göç etmişlerdir. Manastır ruhbanları göçerken, götürebilecekleri değerli eşyaların çok az bir kısmını beraberlerinde götürmüşler, kullanmakta oldukları gündelik eşyaların büyük kısmını ise Manastır’da bırakmışlardı. Bu eşyalar daha sonraki yılarda, özellikle yabancı koleksiyoncular tarafından yağmalanmıştır. Gündelik eşyaları Manastır’ın içinde bırakan ruhbanlar; değerli emtia ve eşyaları Manastır’ın içerisinde ve etrafında gömerek saklamışlardı. Sahip olduğu mülkler, vakıflar, ticaret yolu bağlantıları ve dini önemi nedeniyle döneminin şartlarında oldukça zengin olduğu bilinen Sümela Manastırı, bu nedenle 1923 yılından günümüze kadar, hazine avcılarının hedefi olmuş, acımasız bir yıkım ve tahribata maruz kalmıştır. Bundan sonra, Manastır içinde ve dışında özellikle Mübadele esnasında, 1923’ten itibaren gömüldüğüne inanılan hazine arayışı ve kazı tahribatı süregiden bir seyir izlemiştir.
‍
Manastır görevlileri büyük ihtimalle yolda kaybedecekleri endişesiyle ya da bir gün geri gelecekleri ümidi ile; 1923’ün Ağustos’unda Manastır’dan ayrılırken, Sümela’yı bir hac yeri haline getiren, bir tapınım alanı, ziyaretgah ve kült merkezi olmasını sağlayan üç kutsal eşyayı; Havari Lukas’ın resmettiğine inanılan Kutsal Meryem ikonasını, haydutların saldırısı sonucu 640 yılında yağmalanan ve tahrip edilen Manastırın, 644 yılında yeniden inşasına öncülük ettiğine inanılan Aziz Christopher tarafından parşömen üzerine yazılmış olan İncil nüshasını ve Komnenos Kralı III. Manuel tarafından Manastır’a bağışlanmış olan kutsal haç parçasını rölik bugün Manastır’a gelen araç yolunun sonunda, sağ tarafta yer alan Aziz Barbara Şapeli’ne gömerek saklamışlardı.
‍
Manastır, 1923-1970 yılları arasında korumasız kalmış, yaylaya küçük ve büyük baş hayvanlarını götürmekte olan çobanların geçiş güzergâhı üzerinde olduğu için, onlara geceleri güvenli bir konaklama yeri, barınak olmuştu.
‍
1930’lu yıllarda İngiliz güzel sanatlar profesörü D. Talbot Rice, Trabzon’daki Ortodoks manastır ve kiliseleri inceleyerek, fresk ve sekko’ların envanterini çıkartmıştır. David Winfield, Sümela Manastırı’nın Hz. Meryem’e ithaf edildiğini bu nedenle bölge halkı tarafından Meryemana Manastırı olarak da isimlendirildiğini söylemektedir. Winfield ayrıca, mübadeleden altı yıl sonra, 1929 yılında içindeki götürülebilir durumdaki değerli eşyalar hariç, Manastır’ın iyi durumda olduğunu kaydetmektedir. Yangından sonra ise fresklerin karardığını, tüm ahşap kısımların yandığını ve kompleksin sadece taş duvarlardan oluşan iskelet kısmı kalmıştır.
‍
1924 sonrasındaki yıllarda, bölgede yerleşmiş olan ve geçimlerini küçükbaş hayvancılık ile sağlayan konargöçer Karlık köylüleri, boş olan Sümela Manastırı çevresini ve Altındere Köyü’nü mevsimlik yerleşim yeri olarak kullanmakta idiler. Of ve Sürmene civarlarındaki sel felaketinden sonra; 1929-1930 yıllarında Altındere Köyü’ne yerleşmiş olan köy sakinleri; Karlıklılar arasında bulunan ve kısa boyundan ötürü “Hemdicük” olarak adlandırılan keçi çobanının, güvenli bir yer olduğu için keçi sürüsü ile birlikte Sümela Manastırı’nı bir konaklama yeri olarak kullanmaya başladığını söylemektedir.
‍
Hemdicük adlı keçi çobanının Manastır içinde yanar durumda bir ateş unuttuğunu, o gece çıkan kuvvetli rüzgarın da etkisi ile içeride unutulmuş olan ateşin Manastır’ın büyük kısmı çok hızlı yanma özelliğine sahip kalın kestane ağacından inşa edilmiş olan ahşap bölümlerine sıçradığını ve tüm kompleksin bu şekilde tamamen yandığını söylenmektedir. Manastır’daki yangın bütün gece sürmüş ve tüm vadiyi aydınlatacak bir büyüklüğe ulaştığı için sabaha kadar yöre halkı tarafından çaresizlik içinde izlenmiştir. Muazzam bir yapı olan Manastır’ın tüm ahşap kısımlarını yok eden bu talihsiz yangının tarihini tam olarak bilinmemekle birlikte 1937 yılını işaret etmektedir.
Yangın dönemine kadar içerisindeki eşyalar, bakır güğümler, kap ve kacaklar talan edilmiş olan Manastır, yangından sonraki yıllarda define avcılarının ve yabancı koleksiyoncuların gazabına uğrar.
‍
1931 yılında Trabzon’dan göç etmiş olan Rumların ve Santi Metropoliti Polycarp’ın, dönemin Yunanistan başbakanı Eleftherios Venizelos’u Sümela’da kalmış olan kutsal eşyalar; “Lukas ikonası, haç parçası ve İncil nüshası” hakkında bilgilendirmesi üzerine; Venizelos mezkur kutsal eşyaların Yunanistan’a götürülmesini sağlayacağına söz verir. Sözünü tutan Venizelos, aynı yıl Başbakan İsmet İnönü ile bir buluşmasında bu durumu gündeme getirmiş ve eşyaların Yunanistan’a götürülmesi için izin istemiştir. İsmet İnönü Venizelos’un talebini olumlu karşılamış, Türk Kurtuluş Savaşı dönemindeki faaliyetlerinden dolayı 1921 yılında Amasya İstiklal Mahkemesi tarafından gıyaben idama mahkum edilen 74 kişinin arasında bulunduğu için kendisi Türkiye’ye gelemeyen Trabzon eski Metropoliti Hırisantos, Sümela’nın keşişlerinden Ambrosios’u kutsal eşyaların gömüldükleri yerden alınarak Yunanistan’a götürülmesi ile görevlendirir. Ambrosios, 22 Ekim 1931 tarihinde Türkiye’ye gelmiş, Türk güvenlik güçlerinin denetiminde, kutsal eşyaları Aziz Barbara Şapeli’nde gömülü oldukları yerden çıkartarak Yunanistan’a götürmüştür. Kutsal eşyalar Atina Bennaki Müzesi’ne konularak yirmi yıl burada muhafaza edilmişler, daha sonra Karaferye’de inşa edilen “Nea Soumela Manastırı”na konulmuşlardır.

1950 yılında Philon Ktenides isimli Rum’un, Trabzon’dan göçmüş olan diğer Rumları teşvik etmesi ile; Yunanistan Makedonyası’ndaki Vermion Dağları’nın eteklerinde Trabzon’dakine benzer yeni bir Sümela Manastırı inşa edilmesine karar verilmiştir. Manastır’ın yapılmasına karar verilen yer olan Karaferye (Bugünkü adı Veroia), doğal yapısı, vahşi yaşamı ve bitki örtüsü bakımından Trabzon’daki Sümela’nın kurulu olduğu Kara Dağlar’a oldukça benzemektedir. Lukas’ın yaptığına inanılan ikona, Ortodoks inancına göre Meryem’in göğe yükseldiği tarih olan 15 Ağustos’ta (1951) Karaferye’de inşa edilmiş olan Yeni Sümela Manastırı’na Nea Soumela yerleştirilmiş, böylece burası da bir ziyaretgah ve hac yeri haline getirilmiştir.
‍
Kullanımda olduğu yıllarda, Manastırı çevreleyen köylerde yoğun şekilde Hristiyan nüfus yaşamaktaydı. Ortodoks dünyasında 15 Ağustos Meryem’in ölüm ve göğe yükselme Koimesis tarihi olarak kabul edildiği için, bu tarihte Manastır etrafında tüm Hristiyan ahalinin katıldığı kutlamalar yapılırdı. Bölgede yaşayan Hristiyan ahali için 29 Mayıs ve 15 Ağustos tarihleri Meryemana Vadisi yaz eğlenceleri olan Sümela Manastırı’nın birkaç gün süren büyük orman bayramı zamanıydı. Bugün halen 15 Ağustos’ta ve Ağustosun 15’inden sonra özellikle Yunanistan’dan pek çok ziyaretçi Meryem’in göğe yükselmesinin anısına Manastırı ziyarete gelmektedir. Manastır kompleksi deniz seviyesinden yaklaşık 1240 metre irtifada konumlanmıştır ve vadi tapanından büyük bir çağıltı ile akmakta olan dereden 240 metre yüksekliktedir.
‍
Bryer; Manastır’ın 1910 yılında envanteri çıkartılmış olan 100 adet hazine niteliğindeki değerli eşyalarından bahsederek, Hodegetria Meryem İkonası’nın İrlanda Ulusal Müzesi’nde bulunduğunu, Sümela’nın zikredilen altın yaldızlı olarak, tavus kuşu, aslan ve üzüm asmalarından oluşan iki kanatlı sunak kapısının ise Oxford Ashmelon Müzesi’nde bulunduğunu söylemektedir. Sümela’nın bir ziyaretgah ve hac yeri olmasını sağlayan ve Lukas tarafından yapıldığına inanılan kutsal ikona, daha önce de söylendiği gibi, Sümela Manastırı’nın anısına Yunanistan’ın Karaferye kentinde inşa edilmiş olan Nea Sümela Manastırı’nda saklanmaktadır. Manastır’ın kutsal bir yer olmasını sağlayan İsa Peygamberin üzerine gerildiğine inanılan çarmıh parçası rölik Komnenos Kralı III. Manuel tarafından Manastır’a hediye edilmişti. Bu rölik de, Yunanistan’a götürülen eşyalar arasında yer almaktadır. Manastır’ın kütüphanesinde bulunan kitapların büyük çoğunluğunun Ankara Anadolu Medeniyetleri Müzesi’nde muhafaza edilmektedir.